Santos

Ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα στα 11 του από τη Σάντος το 2003. Την επόμενη χρονιά το ταλέντο του εκτιμήθηκε από τη Ρεάλ Μαδρίτης και πέρασε επιτυχημένα δοκιμαστικά τεστ από τον ισπανικό σύλλογο για να μεταγραφεί εκεί, όμως η ομάδα του τον πλήρωσε και τον κράτησε στις ακαδημίες της. Το 2009, μετά από πέντε χρόνια στις ακαδημίες, προωθήθηκε στην πρώτη ομάδα. Από τότε έχει εντυπωσιάσει με τις εμφανίσεις του, την τεχνική του κατάρτιση, τις ντρίμπλες του και την ταχύτητά του.

Στα 17 του, στις 7 Μαρτίου 2009, έκανε την πρώτη του εμφάνιση, όπου αγωνίστηκε τα τελευταία 30 λεπτά απέναντι στην Οέστε. Την επόμενη εβδομάδα πέτυχε το πρώτο του γκολ απέναντι στη Μοζί Μιρίμ. Ένα μήνα αργότερα πέτυχε το καθοριστικό γκολ της νίκης με 2–1 ενάντια στην Παλμέιρας. Τελικά, τελείωσε την πρώτη του σεζόν με 48 εμφανίσεις και 12 γκολ.

Το 2010 συνέχισε την εντυπωσιακή του πορεία και στις 15 Απριλίου σκόραρε 5 φορές σε έναν αγώνα απέναντι στην ομάδα της Γκουαρανί στο Βραζιλιάνικο κύπελλο. Στο κύπελλο εκείνη τη σεζόν σκόραρε συνολικά 14 φορές σε 19 αγώνες και κατέκτησε με την ομάδα του το τρόπαιο νικώντας τη Σάντρο Αντρέ στον τελικό και κερδίζοντας το βραβείο του πολυτιμότερου παίκτη της διοργάνωσης. Παρά τις δυο πρώτες, άκρως επιτυχημένες σεζόν όπου τελείωσε με την εξαιρετική στατιστική τερμάτων 42 γκολ σε 60 αγώνες, προβλήματα εμφανίστηκαν γύρω από το όνομά του που αφορούσαν αρχικά ένα θέατρο που έκανε ότι χτυπήθηκε από αντίπαλο ποδοσφαιριστή αντί να συνεχίσει την πορεία του με την μπάλα και την ανυπακοή που έδειξε στον προπονητή του όταν αυτός αρνήθηκε να χτυπήσει ο Νεϊμάρ το πέναλτι αλλά ένας άλλος συμπαίκτης του.

Το 2011 συνέχισε την επιτυχημένη πορεία του, κατακτώντας με την ομάδα του το Κόπα Λιμπερταδόρες. Στον τελικό η ομάδα του κέρδισε με 2–1 την Πενιαρόλ, όπου και άνοιξε το σκορ και κέρδισε το βραβείο του πολυτιμότερου ποδοσφαιριστή του αγώνα. Συνολικά σκόραρε 6 φορές σε όλους τους αγώνες, με αποτέλεσμα να τερματίσει τρίτος στην κατάταξη τον σκόρερ. Τελευταία φορά που στέφθηκε τροπαιούχος του Κόπα Λιμπερταδόρες η Σάντος ήταν το 1963 όταν αγωνιζόταν ο Πελέ. Τον Σεπτέμβριο του 2011 ο πρόεδρος της Σάντος κατηγόρησε τη Ρεάλ Μαδρίτης στη ΦΙΦΑ, ότι προσπαθεί να προσελκύσει τον Νεϊμάρ να υπογράψει συμβόλαιο δίχως την άδεια της Σάντος.[7] Στις 9 Νοεμβρίου 2011 ο Νεϊμάρ και η Σάντος βρίσκουν τη χρυσή τομή και υπογράφουν συμβόλαιο επέκτασης με αποδοχές 50% περισσότερο από όσα έπαιρνε πριν.[8] Με το γεγονός αυτό έβαλε τέλος στα δημοσιεύματα που έγραφαν ότι θέλει να φύγει από της Σάντος, αφού οι αποδοχές αντεπεξέρχονταν σε συμβόλαια ποδοσφαιριστών της Ευρώπης. Κλείνοντας τη σεζόν, στις 31 Δεκεμβρίου 2011, παίρνει το βραβείο του καλύτερου Νοτιοαμερικανού ποδοσφαιριστή της χρονιάς.

Στις 5 Φεβρουαρίου 2012, όταν έγινε 20 χρόνων, σκόραρε το 100ό του γκολ ως επαγγελματίας ποδοσφαιριστής κατά της Παλμέιρας. Ήδη η εφημερίδα Γκάρντιαν τον κατέταξε στη θέση #10 από τους καλύτερους 100 ποδοσφαιριστές του 2012.[9] Τελείωσε το 2012 το Καμπεονάτο Μπραζιλέιρο με 14 γκολ και ψηφίστηκε ως ο καλύτερος επιθετικός, ενώ κέρδισε το βραβείο του ποδοσφαιριστή της χρονιάς της Νότιας Αμερικής για το 2012.

Ξεκίνησε το 2013 στο Καμπεονάτο Παουλίστα σκοράροντας δύο φορές στον πρώτο αγώνα, ο οποίος έληξε 3–1 με νίκη επί της Σάο Μπερνάρντο στις 19 Ιανουαρίου. Στις 18 Μαρτίου 2013 είπε ότι έχει όνειρο να αγωνιστεί στην Ευρώπη, για ένα μεγάλο σύλλογο όπως η Μπαρτσελόνα, η Ρεάλ Μαδρίτης ή η Τσέλσι.

Barcelona

Αποτέλεσε το μεγάλο μεταγραφικό απόκτημα της Μπαρτσελόνας για τη σεζόν 2013–14[10] προκειμένου να στελεχώσει την επίθεση της ομάδας στο πλευρό του Μέσι. Στις 21 Αυγούστου της ίδιας σεζόν πέτυχε το 1ο γκολ με την ομάδα του απέναντι στην Ατλέτικο Μαδρίτης, στις 18 Σεπτεμβρίου έκανε το ντεμπούτο του στο Τσάμπιονς Λίγκ και έδωσε την ασίστ στον Ζεράρ Πικέ για τη νίκη της ομάδας του απέναντι στον Άγιαξ με 4–0. Στις 11 Δεκεμβρίου πέτυχε το πρώτο του χατ-τρικ με την Μπαρτσελόνα στη νίκη της ομάδας του απέναντι στη Σέλτικ με 6–1 για το Τσάμπιονς Λίγκ.

Στις 27 Σεπτεμβρίου του 2014 πέτυχε χατ-τρικ στον αγώνα με τη Γρανάδα, ο οποίος έληξε 6–0 υπέρ της Μπαρτσελόνα και κατάφερε στους επόμενους τρεις αγώνες της ομάδας του να πετύχει τέρμα συμπεριλαμβανομένου του πρώτου στο ντέρμπι με τη Ρεάλ Μαδρίτης. Στις 28 Ιανουαρίου πέτυχε το 20ό προσωπικό του τέρμα για τη χρονιά στον προημιτελικό του κυπέλλου Ισπανίας με την Ατλέτικο Μαδρίτης, ο οποίος έληξε 3–2 υπέρ της Μπαρτσελόνα.

Η αγωνιστική περίοδος 2015–16 δεν ξεκίνησε καλά αφού, λόγω παρωτίτιδας, έχασε αγώνες στην αρχή, όμως στις 17 Οκτωβρίου σημείωσε 4 γκολ στην έδρα της Βαρκελώνης στο 5–2 με τη Ράγιο Βαγιεκάνο. Στις 30 Νοεμβρίου είχε επιλεγεί για τη Χρυσή Μπάλα του 2015 με τους Μέσι και Κριστιάνο Ρονάλντο, και ήρθε τρίτος. Το τρίο της επίθεσης της ομάδας τελείωσε τη σεζόν με 131 γκολ, καταρρίπτοντας το ρεκόρ που είχε επιτευχθεί το προηγούμενο έτος για τα περισσότερα από ένα τρίο σε ένα έτος.

Ήταν ο πρωταγωνιστής της 6–1 νίκης επί της Παρί Σεν Ζερμέν στο γύρο των 16 του Τσάμπιονς Λιγκ 2016–17, όπου σημείωσε δύο γκολ. Η υπέρβαση της ήττας με 4–0 στο πρώτο παιχνίδι από τις 14 Φεβρουαρίου 2017 έγινε η μεγαλύτερη ανατροπή στην ιστορία της διοργάνωσης.

Paris Saint Germain

Στις 3 Αυγούστου 2017 η ομάδα της Βαρκελώνης ανακοίνωσε ότι οι νόμιμοι εκπρόσωποι του ποδοσφαιριστή κατέβαλαν στον σύλλογο ποσό ύψους 222 εκατομμυρίων ευρώ από τη γαλλική ομάδα Παρί Σεν Ζερμέν, ίσο με τη ρήτρα αποδέσμευσης της σύμβασής του, η οποία αποτελούσε και την ακριβότερη μεταγραφή που είχε γίνει μέχρι τότε. Με συμπαίκτες τους Έντισον Καβάνι και Κιλιάν Εμπαπέ δημιούργησε ένα παραγωγικό τρίο στην επίθεση της ομάδας και σημείωσε 28 τέρματα σε 30 αγώνες την πρώτη του χρονιά.

Το 2020 οδήγησε με τους συμπαίκτες του την ομάδα στον τελικό του champions league για πρώτη φορά στην ιστορία της όπου και ηττήθηκαν με 1-0 από τη Μπάγερν Μοναχού.